Fondata nel 1964 la disciplina Pallanuoto del CUS Firenze non ha mai avuto vita facile per il grande ed irrisolto problema degli "spazi acqua". Non a caso le prime gare della formazione universitaria impegnata nel campionato di promozione avevano come campo "Il bagno Omero" sotto il Ponte San Niccolò. I primi anni sono pieni di difficoltà, ma ben presto ecco le vittorie: nel 1969 il CUS vince il campionato di promozione e conquista un posto in serie C. Intanto grazie all'utilizzo della piscina del Poggetto, e al lavoro di Lonzi, Vannini e Vigoriti, il settore giovanile cresce ed inizia a regalare successi. Il lavoro con i giovani diventa fondamentale per il futuro, ma nel 1971 il CUS retrocede, dimostrando di non poter affrontare un campionato impegnativo come quello di serie C. Nel 1975 assistiamo ad una nuova promozione in serie C ed alla conquista da parete della squadra allievi della finale nazionale di categoria ed da parte della squadra juniores della semifinale nazionale. Il 1975 è sicuramente l'anno di maggior successo della disciplina che però inizia una lenta parabola discendente che la porterà a sfiorare, dopo una nuova retrocessione nel 1980, addirittura lo scioglimento.
A tenere in vita la sezione, ci pensano però alcuni dirigenti che gettano le basi per la ripresa.Nel 1982 arriva la promozione in serie C e dopo due anni di vertice ecco la tanto attesa promozione in serie B nel 1985. Nel 1986 il CUS retrocede in serie C, ma nella stagione 1988 ritorna nella categoria superiore. Nel campionato 1994 sfiora addirittura la promozione in A/2.
Nella stagione 1996/97 la squadra si è classificata al 4° posto nel campionato di serie C per poi passare nella stagione successiva
in quello di serie B.